Vad är en Proximal Promoter?

July 4

En proximal promotor är en region i deoxiribonukleinsyra (DNA) strax före början av en gen där proteiner och andra molekyler binder i förberedelse för att läsa den genen. Promotorregionen är viktigt för de flesta gener som skall läsas och transkriberas in i protein, i både enkla prokaryota celler och de mer komplexa eukaryoter. En mängd olika proteiner som kallas transkriptionsfaktorer binder till DNA i denna region, och de utföra många uppgifter som förbereder sig för gentranskription. Den viktigaste av dessa funktioner är att bygga en byggnadsställning av proteiner som innehar DNA öppen och transkriberar den korrekta genen samtidigt.

Den exakta platsen och strukturen hos en proximal promotor varierar mellan gener och celltyper. Prokaryota celler, de utan kärna, har oftast en typ av promotor medan eukaryota celler, de med en riktig kärna, har en annan. Initiativtagare ligger oftast några nukleotider uppströms, eller före, den gen som de kontrollerar. Nästan varje promotor innehåller en speciell sekvens av nukleotider som identifierar den som sådan. I allmänhet är prokaryota promotorer identifieras av en grupp av nukleotider som kallas Shine-Dalgarno-sekvensen, och eukaryota promotorer identifieras med en specifik genetisk sekvens kallas TATA-boxen.

Trots dessa relativt enkla regler, inte varje proximal promotor följer dem, vilket kan göra att identifiera dem, och de gener de kontrollerar, något svårt. Avståndet mellan en promotor och dess gen är inte fast inom en art eller inom en enda organism, så att avgöra var de sitter i förhållande till varandra är inte trivialt. Proximal promotorsekvens kompositioner är inte alltid identiska; de kan mycket i längd, sammansättning eller bådadera. Dessutom markörsekvenserna av Shine-Dalgarno-låda eller TATA-box har viss variabilitet i dem. Hur de olika transkriptionsfaktorer erkänner tagare inför denna normala variationer är inte lätt att avgöra, och nya exempel verkar ofta att ifrågasätta dessa tidigare robusta lösningar.

När en gen är mycket nära en annan gen, finns möjligheten att dess proximala promotor kan påverkas genom inverkan av den närliggande genen. Ibland sker detta avsikt i genomet, kanske för att stimulera flera gener på en gång eller reglera sina åtgärder samtidigt. Vid andra tillfällen är en förbindelse mellan två gener genom en promotor verksamhet sker i fel. För att förhindra detta överhörning mellan gener där det inte är motiverat, vissa genomen har isolatorregioner mellan dem. Denna extra region är inte alltid nödvändigt, och vissa genomen förhindrar överhörning genom gen positionering på andra sätt, som att tvinga en gen vara inaktiva medan en annan är aktiv.

  • Både prokaryota och eukaryota celler har proximala tagare.
  • Olika proteiner som kallas transkriptionsfaktorer binder till DNA i den proximala promotorregionen.